Nedostaci mikropumpi uglavnom uključuju sljedeće aspekte:
1. Ograničenja uvjeta rada
Ne može dugo raditi bez vode: mikro pumpa se lako zapali u stanju nedostatka vode, uglavnom zato što pumpa u praznom hodu ili suhoj rotaciji, motor i mehanički dijelovi bit će oštećeni nedostatkom podmazivanja i hlađenja.
Nedovoljan kapacitet samousisavanja: neke mikropumpe nemaju kapacitet samousisavanja i moraju biti potopljene ili instalirane ispod razine tekućine da bi normalno radile, što ograničava scenarije njihove upotrebe.
Drugo, performanse i učinkovitost
Ograničeni izlazni tlak: Izlazni tlak (napor) mikro-uronjive pumpe obično nije visok, pa je prikladnija za velike protoke i niske visine.
Problemi s bukom: Iako neke mikro-pumpe kao što su DC pumpe bez četkica imaju dobre rezultate u pogledu tišine, još uvijek postoje neki proizvodi s velikim problemima s bukom, osobito pri velikim brzinama.
Održavanje i trošak
Visoki troškovi održavanja: Za neke vrste mikropumpi, kao što su DC pumpe bez četkica, troškovi održavanja mogu biti visoki zbog njihove složene konstrukcije. Osim toga, u slučaju kvara može biti potrebno stručno održavanje.
Viši trošak: U usporedbi s nekim tradicionalnim pumpama, trošak proizvodnje mikro pumpi je viši, što također dovodi do njihove relativno visoke prodajne cijene.
4. Ostali nedostaci
Jednostavna za nošenje: Za mikro-pumpe koje koriste karbonske četkice za vožnju unazad, karbonske četkice će se istrošiti s povećanjem vremena korištenja, što će rezultirati pojačanom bukom ili čak kvarom.
Problem rezonancije: U nekim slučajevima frekvencija vibracija motora mikropumpe može biti ista ili blizu frekvencije vibracija okvira ili okolnih plastičnih dijelova, što dovodi do pojave rezonancije.